(1) A Hatóság elnökét a pénzmosás és terrorizmusfinanszírozás elleni küzdelem területén szerzett érdemei, képességei, tudása, feddhetetlensége, elismert tekintélye és tapasztalata, valamint egyéb releváns képesítései alapján, nyílt kiválasztási eljárást követően választják ki, amelyet közzé kell tenni az Európai Unió Hivatalos Lapjában. Az Európai Parlamentet, a Tanácsot és az igazgatótanácsot ezen eljárás valamennyi szakaszában megfelelő módon és kellő időben tájékoztatni kell.
A Bizottság elkészíti a Hatóság elnöki tisztségére pályázó legalább két alkalmas jelöltből álló szűkített listát. Az Európai Parlament és az igazgatótanács meghallgathatja a szűkített listán szereplő jelölteket. Az igazgatótanács nyilvános véleményt adhat ki meghallgatásainak eredményeiről, vagy véleményt intézhet az Európai Parlamenthez, a Tanácshoz és a Bizottsághoz.
A Bizottság a Hatóság elnökének kinevezésére irányuló javaslatot benyújtja az Európai Parlamentnek.
Miután az Európai Parlament jóváhagyta a javaslatot, a Tanács végrehajtási határozatot fogad el a Hatóság elnökének kinevezéséről. A Tanács minősített többséggel határoz.
A második albekezdéstől eltérve, a Hatóság első elnökének e rendelet hatálybalépését követő kinevezésére vonatkozóan a Bizottság az igazgatótanács bevonása nélkül tesz javaslatot az elnök kinevezésére.
(2) A Hatóság elnöke függetlenül és objektíven jár el az Unió egésze érdekeinek megfelelően, nem kérhet és nem fogadhat el utasítást sem az uniós intézményektől, szervektől, hivataloktól vagy ügynökségektől, sem bármely kormánytól, sem bármely más köz- vagy magánjogi jogalanytól. Az uniós intézmények, szervek, hivatalok és ügynökségek, a tagállamok kormányai, valamint valamennyi más köz- vagy magánjogi jogalany tiszteletben tartják ezt a függetlenséget.
(3) A Hatóság elnökének hivatali ideje négy év. Az elnök a négyéves megbízatásának lejártát megelőző 12 hónap folyamán az igazgatótanács mindkét összetételben vagy az igazgatótanács tagjai közül kiválasztott kisebb bizottság, a Bizottság egy képviselőjével kiegészülve, értékeli az elnököt. Az értékelés figyelembe veszi az elnök teljesítményének értékelését, valamint a Hatóság jövőbeli feladatait és kihívásait. Az értékelés alapján a Bizottság javasolhatja az Európai Parlamentnek az elnök megbízatásának meghosszabbítását. Az ilyen meghosszabbítás csak egyszer adható meg. Miután az Európai Parlament jóváhagyta a Bizottság javaslatát, a Tanács végrehajtási határozatot fogad el a Hatóság elnöke megbízatásának meghosszabbításáról. A Tanács minősített többséggel határoz.
(4) Amennyiben a Hatóság elnöke már nem felel meg a feladatai teljesítéséhez előírt feltételeknek, vagy súlyos kötelességszegést követett el, a Tanács – saját kezdeményezésére eljárva vagy az Európai Parlament javaslatára vagy az igazgatótanács bármely összetételében adott javaslata alapján – végrehajtási határozattal elmozdítja a Hatóság elnökét a hivatalából. A Tanács minősített többséggel határoz.
(5) Amennyiben a Hatóság elnöke lemond, vagy bármely más okból nem tudja ellátni feladatait, azokat az alelnök látja el.